Acrobat6.0.6.2007010800 pro（2003/11/04）をWindowsXPのＰＣで使っています。InDesignから書き出したＥＰＳファイルを、このAcrobat6proでＰＤＦに変換したら、書体が生きておりませんでした。レイアウト崩れは発生しませんでしたが…。
一方、Acrobat 8.3.1 Pro で同様の操作をしたら、フォントまで大丈夫でした〜。
Acrobatのバージョン6と8の間にはギャップがあるのだと…知りました。
なお、念のためAcrobat6.0.6.2007010800 pro（2003/11/04）の更新情報があるか調べましたが、無いようです…。
